Para planificar y operar los sistemas de recursos hídricos a escala de cuenca, es necesario desarrollar nuevas herramientas que sean adecuadas para este mundo no estacionario. En este trabajo desarrollamos un algoritmo de optimización que puede ser utilizado para diferentes estudios relacionados con el cambio climático y la gestión de los recursos hídricos. Se desarrollan tres aplicaciones de este algoritmo para la cuenca del río Merced. El primero de ellos da una evaluación de los efectos del cambio climático en las operaciones de esta cuenca considerando una estrategia de gestión adaptativa incorporada en el algoritmo de optimización. En una segunda aplicación exploramos diferentes estrategias de adaptación a largo plazo destinadas a mitigar los efectos del cambio climático. Se desarrolla una aplicación final para determinar cuán beneficioso es construir un nuevo embalse considerando explícitamente la incertidumbre sobre proyecciones climáticas futuras.