Las plantas cojín son especies clave especializadas de ambientes alpinos que pueden tener un efecto positivo en la estructura y función de los ecosistemas. Sin embargo, sabemos relativamente poco sobre cómo las plantas cojín regulan la diversidad y composición de las comunidades microbianas del suelo, principales impulsores de los procesos del suelo y el funcionamiento de los ecosistemas. Identificar qué factores impulsan la diversidad y composición de las comunidades microbianas del suelo en ecosistemas de gran altitud también es fundamental para predecir cómo los cambios globales afectarán su conservación y los servicios y funciones que brindan. Así, muestreamos cuatro sitios a lo largo de los Andes del sur siguiendo el cinturón de vegetación de especies de cojín Azorella. Los sitios de campo se extendieron a lo largo de un gradiente latitudinal y tenían niveles contrastantes de aridez, radiación UV-B, temperatura media y propiedades del suelo. En general, Azorella, así como la aridez y la radiación UV-B, fueron los principales impulsores de la distribución, composición y diversidad de las comunidades microbianas del suelo en los ecosistemas estudiados de los Andes chilenos. La radiación UV-B afectó particularmente a los hongos del suelo, mientras que las propiedades del suelo como el pH y el contenido total de C y N, predictores esenciales de la diversidad microbiana a nivel mundial, tuvieron un efecto mucho menor en la composición de las comunidades microbianas del suelo. Comprender los factores que impulsan la estructura y composición de las comunidades microbianas, en particular el papel de las plantas de cojín y la retroalimentación entre las plantas, el clima y el suelo, es de suma importancia para la preservación de la funcionalidad de los ecosistemas de gran altitud amenazados por el cambio climático.